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菩提祖師作為西遊記當中最為神秘的神仙，可以說是讓人印象極為深刻，他在佛道兩派都沒有自己的仙位，但是他精通儒道佛三教。他在方寸山開設學堂教書育人，如來卻說我西牛賀洲雖無上真，最後他去了哪裡一直讓人浮想聯翩，他到底是從何而來，最後又到了哪裡呢？
孫悟空當年由於在師兄弟面前賣弄自己的武藝，恰巧被路過的菩提祖師給看見了，話也沒有多說，直接就將孫悟空給趕下了山，而且還要孫悟空以後再也不要提起自己，否則定將不饒他，孫悟空實在是沒有辦法，只能遵從師令回了家，可是自此以後菩提祖師也是憑空消失了。
當年孫悟空路過五莊觀的時候，一氣之下打倒了鎮元子的人參果樹，為了找一個醫樹的方子，孫悟空萬不得已來到了五莊觀，結果發現這裡已經不是當年的模樣了，師傅和師兄弟等人都不知道去哪了，滿目的蒼涼讓人心寒不已。
正當孫悟空感到非常失落時，菩提祖師隔空傳話，來了一句「茫茫南海，自有醫樹的仙方」，孫悟空立馬就明白了師傅所指的是什麼意思，最後直接找到了觀音菩薩，果然這樹就成功地被救活了，自己還有了一位非常厲害的大哥鎮元子。
其實也正是因為這件事，直接暴露了菩提祖師最後的一個歸宿，他原來一直就在這個地方。
當年菩提祖師的任務就是傳授孫悟空逃跑的技能，什麼七十二般變化、筋斗雲等技能，感覺時機成熟了直接將其趕下山，而且還故意提醒猴子，你此去定生不良。孫悟空一想，當年菩提祖師給他傳藝時就是說的反話，這一次也是這麼一個情況。
孫悟空一想，祖師都已經這麼肯定的說了，自己還有啥說的，撒手直接干就行了，於是才有了後面的大鬧天宮、鬧地府、搶奪金箍等一系列事情的發生。而孫悟空所乾的這一系列事情唯一的受益者就是西天靈山，如來被尊位貴賓邀請過來，西天的影響力得到了大的提高。
而此次五莊觀的時候，菩提祖師已經不方便出來了，當年孫悟空離開之後他就回到自己原來的位子，而他就是非常厲害的如來佛祖，他日常有很多的事務是需要去處理的，所以使用了隔空傳音的法術告訴孫悟空觀音有辦法。
總的來說，菩提祖師其實就是如來佛祖，當年孫悟空走後他就也立馬回到了西天靈山，當年那些弟子也是他使用法術變化的，孫悟空再也見不到自己的師傅也就變得很正常了。
